行政院文建會有感於民族音樂資產對於我國傳統藝術之重要性，自民國79年起即成立籌備小組，由許常惠教授擔任召集人，進行民族音樂中心的籌設工作和相關 軟硬體計畫。民國87年4月「籌設民族音樂中心計畫」獲行政院核定，內容包括 於臺北縣中和市錦和運動公園興建民族音樂中心硬體新建工程，專責民族音樂之調查、蒐集、研究、保存、展演、傳習及推廣等工作，主要組織架構含研究所、資料館及兩座演藝廳，並於民國88年7月奉行政院核定成立籌備處，由傳藝中心籌備處主任柯基良兼任籌備處主任，原預計民國91年完成籌建工程後正式運作。
自民國89年5月文建會為配合行政院組織精簡等重大政策，將工作重點由籌建多 功能之展演硬體建設，轉向專責我國民族音樂整合性之調查、蒐集、研究、保存及展示推廣等工作，計畫設置民族音樂資料館；於民國91年元月奉行政院核定併入「國立傳統藝術中心」為其派出單位，並轉型為「民族音樂研究所」，借用農 委會舊有空間重新規劃設計，成為兼具辦公與音樂資料保存暨小型推廣活動場 所，並自92年10月於杭州北路26號正式開館運作。
97年4月更名為「臺灣音樂中心」，101年5月20日配合文化部成立，更名為「臺灣音樂館」，透過保存研究、鼓勵原創、人才培育與資源共享，成為臺灣音樂的守護者，延續臺灣音樂的脈動，展現臺灣音樂之美。105年進駐臺灣戲曲中心，在既有的豐厚基礎上繼續深耕發展，呈現臺灣音樂歷史的脈絡與樣貌。