邱君畢業於國立臺灣藝術大學中國音樂學系。就讀新北市秀山國小音樂班時，由張忠教授啟蒙大提琴，先後師事盧春利、吳姿瑩老師。2001年6月考入台灣國樂團，擔任大提琴演奏員。
2002年8月於國家演奏廳「漾，青春漣漪」音樂會、2008年8月於國家演奏廳「幸福的記號」音樂會中擔任大提琴獨奏。2011年4月於宜蘭傳統藝術中心「Your Star」音樂會中擔任大提琴獨奏。擔任96學年全國音樂比賽大提琴組指定曲命題委員。
2011年10月受邀至江蘇省無錫市，於「2011年阿炳音樂藝術節閉幕式音樂會」中，與大陸名家朱昌耀先生合演二重奏「相望」，深受好評。
2007年至2011年擔任臺灣國樂團低音聲部首席。